- 每兩年得自各領域中選出優良論文予以獎勵，獎勵數量以總論文數量之 5% 為原則，各領域獎勵論文數量亦以5%為原則。若某領域論文數量不足者得累積至下一期辦理。相近之領域得聯合甄選。
- 提名作業於奇數年 (如：2005) 十月開始進行，就地物、物質、大氣、太空、海洋、水文六個領域，由各學門編輯分別由過去兩年內 (如：2003-2004) 已刊登之論文中搜尋，各學門編輯應徵詢客座編輯、副編輯及該年內卸任編輯之意見，於各個領域中各提名應獎勵論文篇數之兩倍。
- 由總編輯將提名之論文送交國際顧問團 (International Advisory Board) 及期刊委員會評審各論文。
- 由本刊總編輯及編輯就評審結果推薦得獎論文，若無合格論文可從缺。
- 在本刊網站公布優良論文，於年會中表揚，並頒發獎金一萬元給每篇得獎論文之負責作者 (Corresponding author)。
- 本辦法經民國90年9月3日第五屆第二次理監事聯席會議通過，自民國91年開始實施；民國94年12月21日第七屆第三次理監事聯席會議通過第一次修正；民國95年5月22日第七屆第四次理監事聯席會議通過第二次修正。
